主題課是潛智樹人課程的一大特色，與其他訓練方法最大的區別在于主題課的設置具有階梯型，并且根據孩子年齡以及程度類型進行分班。有6大類別，每周一個內容，難度逐步增加，并且對于每個學生的難度也是根據他們的水平和接受能力進行微調。

主題課的主要目的在于提升他們的認知、感覺統合方面的能力，并且訓練他們的注意力、延遲等待，在課堂上設置互動內容，增進學生-老師，以及學生之間的互動，有小范圍的互動也有整體參與的互動。

除主題課外還有自主游戲課，自主游戲課主要目的是釋放孩子的天性，激發他們的潛能，從他們最擅長的長板入手，先跟后代，逐步深入，提升他們的自信，擴展他們的興趣，同時增進同一項活動間同學之間的互動與師生互動。

訓練方法簡述：

先跟后待、同頻共振、建立自信、簡單溝通、換位體驗、認知自我、輕松愉悅、恢復本能；

先易后難、興趣出發、提升自信、延遲等待、見怪不糾、善意模仿、及時認可、啟動語言。

1. 實施內容：感統游戲、傳統游戲 情景游戲、模仿游戲、模擬游戲、集體游戲、社交游戲、手工游戲、沙盤游戲、繪畫游戲 、彩泥游戲、人機體感游戲、鏡像互動游戲。

2. 實施技巧：

1. 熱情互動：    先嗨起來-放松警惕-開心互動-趁機而入；

2. 先跟后帶：    輕叩大門-進入空間-取得信任-融洽互動-帶出自我；

3. 規則意識：    提倡規則-感受規則-學習規則-建立規則；

4. 呼喚感知覺：觸覺感-冷熱感-痛覺感-親熱感-同理感；

5. 語言發展：    互動模仿-確認口齒-模仿語調-逐步修正（而非矯正）；

6. 認知思維：    朦朧互動-捕捉思維-正向強化-重復場景-熟練遷移；

7. 社交互動：    場景游戲-模擬游戲-自主游戲-創新游戲-聰明自信。

3. 訓練方法優勢：

1. 以快樂的游戲代替強制性認知訓練，全方位康復，包括語言、行為、以及社會交往。

2. 老師與孩子同頻，而不是要求孩子與老師同頻，先建立與孩子的連接后，再把孩子從自我封閉的狀態中帶領出來。

3. 打破自閉癥及自閉癥譜系兒童終生訓練的魔咒；

4. 康復后的兒童不需要特殊陪伴，可以自如的融入到社會生活中去，徹底摘掉了問題兒童的帽子。